Từ những vấn đề trên cho thấy một số hạn chế trong quản lý các dự án FDI thời gian qua, như chưa nhất quán giữa mục tiêu và biện pháp thực hiện thu hút FDI; các chính sách ưu đãi thu hút FDI được áp dụng chung cho toàn bộ các tỉnh thành, chưa dựa trên lợi thế cạnh tranh, đặc thù của mỗi địa phương; các chính sách ưu đãi vẫn chưa được một cơ quan độc lập, có năng lực đánh giá về kết quả thực hiện; chưa thực hiện đánh giá tác động đầy đủ của chính sách và chi phí lợi ích mà chính sách đạt được. Các thủ tục để được nhận ưu đãi chưa minh bạch, vẫn còn cơ chế xin cho, một số chính sách ưu đãi được ban hành nhưng không có quy định về điều kiện và thủ tục để được hưởng ưu đãi.

Qua hoạt động kiểm toán hằng năm, KTNN đã phát hiện nhiều sai phạm của doanh nghiệp FDI trong lĩnh vực môi trường, đất đai, chuyển giá, từ đó đã có các kiến nghị để cơ quan quản lý khắc phục những sai sót, yếu kém, sửa đổi, bổ sung các quy định để ngăn chặn các “lỗ hổng” về cơ chế, chính sách. Cùng với đó, KTNN đã chỉ rõ những hạn chế và bất cập trong chính sách, thực thi chính sách thu hút FDI thời gian qua.

Tuy nhiên, các kiểm toán viên của KTNN mới thực hiện kiểm toán một số “mắt xích” rất nhỏ liên quan đến chính sách thu hút FDI như kiểm toán công tác quản lý thuế, đất đai, kiểm toán môi trường và cũng chưa có các chuyên đề kiểm toán riêng… Bởi cơ sở pháp lý để KTNN thực hiện kiểm toán việc ban hành chính sách và đánh giá việc thực thi chính sách thu hút FDI còn chưa rõ ràng, chưa theo đúng tinh thần của Hiến pháp và quy định của Luật KTNN.

Thêm nữa, công tác phối hợp giữa KTNN và các cơ quan quản lý nhà nước còn nhiều trở ngại do cơ sở pháp lý còn chưa rõ ràng, đặc biệt là về đối tượng, nội dung kiểm toán. Các chính sách và biện pháp thực thi chính sách thu hút vốn đầu tư FDI thường rất phức tạp, bao gồm nhiều khía cạnh như kinh tế, chính trị, ngoại giao, quốc phòng an ninh, xã hội, bản thân các dự án FDI cũng có quy mô lớn và ngày càng có xu hướng phát triển theo hướng công nghệ cao, phức tạp nên cũng đòi hỏi kiểm toán viên phải tích cực cập nhật kiến thức để am hiểu được các lĩnh vực mới.
 

Trong tầm nhìn trung và dài hạn, thu hút FDI vẫn là nhiệm vụ trọng tâm để tăng trưởng kinh tế, bù đắp sự thiếu hụt về vốn và ngoại tệ. Tuy nhiên, cần chủ động nhận diện mặt trái của việc thu hút đầu tư FDI đến kinh tế, chính trị, xã hội, đặc biệt là chú ý đến môi trường, từ đó đưa ra các giải pháp phù hợp và xây dựng các kế hoạch cụ thể nhằm khắc phục các bất cập, thách thức đang gặp phải.

Để đáp ứng kỳ vọng của Đảng, Nhà nước và nhân dân trong việc đánh giá các chính sách và việc thực thi các chính sách thu hút vốn đầu tư FDI, một trong những yêu cầu cấp bách đặt ra hiện nay là cần có các giải pháp nâng cao vai trò, chất lượng kiểm toán của KTNN để góp phần phòng ngừa, hạn chế những mặt trái từ đầu tư FDI, đảm bảo kỷ luật, kỷ cương và tính bền vững của nền tài chính quốc gia.